逃げる事も叶わぬ程の圧倒的な力を見せるプリシラ。死地の中、クレアは自らラファエラとルシエラの融合体に飲み込まれる。一方聖都ラボナのミリアは、単身組織を潰しに向かうが、組織の騎士たちに倒され…。

妖魔は組織によって生み出され、この地は覚醒者の実験場だと驚愕の仮説を語るミリア。戸惑う七戦士だが、クレアはラキを捜すためシンシア、ユマと共に西へと旅立つ。途中とある町で黒服のルヴルと再会し…。

ヘレンとデネヴは南の地でイースレイと遭遇。死を覚悟する二人だが、「深淵喰い」が現れイースレイを倒す。一方、西ではラファエラの覚醒を図るリフルに、組織はアリシアとベスを派遣。この地でクレア達は…！？

ミリアを追い組織の打倒に向かうデネヴたちは、途中新世代戦士と合流、妖魔の製造施設を破壊する。対する組織は、更なる力を持つ者の開発を急ぐ…。そんな中、彼らの前に粛清されたはずのミリアが現れ──！！

盗賊に襲われた一人の少女を助けたことで、クレイモア最強の女戦士テレサに討伐隊が向けられた！！ 「微笑のテレサ」と呼ばれ恐れられるテレサと少女クレア。過酷な宿命に翻弄されようとする二人を待つものは…！？

普莉西亞展現出的壓倒性力量，令人連逃跑也無法如願。千鈞一髮之際，克蕾雅主動讓露希艾拉和拉法艾兒的融合體吸收進去。另一方面，身處聖都拉波納的蜜莉亞，獨自闖進組織，最後卻死於戰士們的劍下…而聖都拉波納竟遭大批妖魔和覺醒者的襲擊！女戰士們對抗之間亦對組織產生莫名的疑惑…!?

新たなる深淵が聖都ラボナに迫る。その最中、ラキはクレアの救出に成功。ついに再会を果たした! だが喜びも束の間、プリシラも再び動きはじめ脅威は加速する。また男性の覚醒者2体がラキの前に現れて…!?

組織が甦らせたかつてのナンバー1、三体全てが覚醒、新たな深淵と化した! うち二体の激闘の中、戦士たちはミリアを中心に別の一体・ヒステリアの打倒を狙う。凄まじき空中戦の末に、新たな時代が始まる!!

離反者・ガラテアを追い、聖都ラボナにとだり着いたクラリスとミアータ。だがそこで覚醒者・アガサがその正体を現し襲い来る…！！　町の兵士も闘いに加くわるが戦況は悪化。その時、ついにクレアたち七戦士が現れ…！！

女戦士初代ナンバー１にして“三強覚醒者”の一人・西のリフル！！　クレア達の前に現れた彼女が口にしたのは、クレア生涯の敵・プリシラへの手がかり！！　圧倒的な力の差を前に、クレア達が見い出した活路とは…！？